پيشواى پنجم طى مدت امامت خود، در همان شرائط نامساعد، به نشر و اشاعه حقايق و معارف الهى پرداخت و مشكلات علمى را تشريح نمود و جنبش علمى دامنه دارى به وجود آورد كه مقدمات تاسيس يك ?دانشگاه بزرگ اسلامى? را كه در دوران امامت فرزند گراميش (امام صادق ع)به اوج عظمت رسيد، پى ريزى كرد.

امام پنجم در علم، زهد، عظمت و فضيلت سرآمد همه بزرگان بنى هاشم بود و مقام بزرگ علمى و اخلاقى او مورد تصديق دوست و دشمن بود. به قدرى روايات و احاديث، در زمينه مسائل و احكام اسلامى، تفسير، تاريخ اسلام، و انواع علوم، از ان حضرت به يادگار مانده است كه تا آن روز از هيچ يك از فرزندان امام حسن و امام حسين (ع) به جا نمانده بود.

رجال و شخصيتهاى بزرگ علمى آن روز، و نيز عده‏اى از ياران پيامبر (ص) كه هنوز درحال حيات بودند، از محضر آن حضرت استفاده مى‏كردند.

كتب و مولفات دانشمندان و مورخان اهل تسنن مانند: طبرى، بلاذرى، سلامى، خطيب بغدادى، ابونعيم اصفهانى، و كتبى مانند: موطا مالك، سنن ابى داود، مسند ابى حنيفه، مسند مروزى، تفسير نقاش، تفسير زمخشرى، و دهها نظير اينها، كه از مهمترين كتب جهان تسنن است، پر از سخنان پرمغز پيشواى پنجم است و همه جا جمله: قال محمد بن على و يا قال محمد الباقربه چشم مى‏خورد.

كتب شيعه نيز در زمينه‏هاى مختلف سرشار از سخنان و احاديث حضرت باقر (ع) است و هر كس كوچكترين آشنايى با اين كتابها داشته باشد، اين معنا را تصديق مى‏كند.

امام باقر (ع) از نظر دانشمندان

آوازه علوم و دانشهاى امام باقر ع چنان اقطار اسلامى را پر كرده بود كه لقب ?باقر العلوم? (گشاينده دريچه‏هاى دانش و شكافنده مشكلات علوم) به خود گرفته بود.

ابن حجر هيتمىمى‏نويسد:

محمد باقر به اندازه‏اى گنجهاى پنهان معارف و دانشها را آشكار ساخته، حقايق احكام و حكمتها و لطايف دانشها را بيان نموده كه جز بر عناصر بى بصيرت يا بد سيرت پوشيده نيست و از همينجاست كه وى را شكافنده و جامع علوم، و برافرازنده پرچم دانش خوانده‏اند.

عبدالله بن عطأ كه يكى از شخصيتهاى برجسته و دانشمندان بزرگ عصر امام بود، مى‏گويد:

من هرگز دانشمندان اسلام را در هيچ محفل و مجمعى به اندازه محفل محمد بن على (ع) از نظر علمى حقير و كوچك نديدم. من حكم بن عتيبه را كه در علم و فقه مشهور آفاق بود، ديدم كه در خدمت محمد باقر مانند كودكى در برابر استاد عاليمقام، زانوى ادب بر زمين زده شيفته و مجذوب كلام و شخصيت او گرديده بود.

امام باقر ع در سخنان خود،اغلب به آيات قرآن مجيد استناد نموده از كلام خدا شاهد مى‏آورد و مى‏فرمود: هر مطلبى گفتم، از من بپرسيد كه در كجاى قرآن است تا آيه مربوط به آن موضوع را معرفى كنم